牛羊反刍家畜消化的最大特点是通过瘤胃微生物的分解代谢作用，秸秆中的纤维素和木质素，半纤维素等多糖类物质被降解成单糖，并转化为挥发性的脂肪酸和二氧化碳等，挥发性脂肪酸为反刍动物最大的能源（约占60—70%）。而饲料中的蛋白质也被瘤胃微生物降解为氨基酸、氨，再合成微生物菌体蛋白质，供畜体利用，作为畜体的蛋白质来源，菌体蛋白质占60%以上。
     秸秆发酵活干菌处理秸秆制作微贮饲料的原理，与瘤胃微生物发酵原理基本相似。秸秆经活干菌发酵后，转变为适口性好，消化率高的优质饲料。秸杆在微贮过程中，由于秸秆活干菌的发酵作用，半纤维素—木聚糖链和木质素聚合物的酯键酶解，增加了秸秆的柔软性和膨胀性，使瘤胃微生物能够直接与纤维素接触，从而提高了粗纤维的消化率。牛羊饲喂微贮饲料，可提高瘤胃微生物区系纤维素酶和解酯酶活性，使维生素B12合成达到0.33毫克/千克，能促进挥发性脂肪酸的生成并提高37.5%，其中丙酸提高27.3%。挥发性脂肪酸可为微生物菌体蛋白的合成提供碳骨架！这样在泌乳牛血液中含糖量增加10—15%，碱储量增加90毫克%。奶牛血液中这种变化能改善其生理状态，可正常产犊，牛犊也不会患消化不良症状。这主要是由于秸秆消化率的增加，并拌采食量的提高（20—40%），有机物消化量的提高以及动物肌体能量代谢物质挥发性脂肪酸的增加，也意味着瘤胃微生物菌体蛋白合成的提高，从而增加了对机体微生物蛋白的供应量，这就是微贮秸秆饲料使反刍动物增重的主要机理！